Yahyâ Efendi, Şamlı Ömer Efendi’nin oğludur. Babası Şamlı Ömer Efendi, uzun müddet Trabzon’da kadılık yaptı. Yahyâ Efendi, 1494 (h.900) senesinde Trabzon’da doğdu. Kânûnî, Sultan Süleymân da, Trabzon’da aynı sene aynı haftada doğdu. Kânûnî ile sütkardeşi oldular. Kânûnî, Yahyâ Efendi’ye “Ağabey” derdi.

İlk tahsilini, babasından ve orada bulunan başka âlim zatlardan yapan Yahyâ Efendi, küçüklüğünden itibaren ilim öğrenmeye başladı. Zâhir ve bâtınî ilimlerde yüksek derecelere ve manevî olgunluklara kavuştu. Daha sonra İstanbul’a geldi. Zenbilli Ali Cemâlî Efendi’nin hizmet ve derslerine kavuştu. Vefâtına kadar derslerine devam etti. Kânûnî Sultan Süleymân, sultan olunca, ona çok alâka gösterdi ve yardım etti.

Ali Cemâlî Efendi’nin vefâtından sonra müderris oldu. Yahyâ Efendi, uzun müddet çeşitli medreselerde vazife yaptıktan sonra, 1553 (h. 960) senesinde, Sahn-ı semân medreselerinden birine müderris tâyin edildi. Fatih Medresesi’nde müderrislik yaptı. İki sene sonra da emekli oldu. Emekliliğinden sonra inzivayı (yalnız kalıp, hep ibâdet ve tâat ile meşgul olmayı) tercih etti. Beşiktaş’ta satın aldığı deniz kenarında bulunan bahçesinde, bir ev ve mescid yaptırdı. Sonraları evin etrafında; medreseler, hamam ve orada kalanların barınacakları odalar ve yol üzerinde herkesin gelip geçtiği bir yerde de, çok güzel bir çeşme yaptırdı. Diğer bir rivâyete göre, komşusu Apostol, denizde fırtınaya tutulur ve Hristiyan olduğu halde Yahyâ Efendi’nin hürmetine kurtulmak için duâ eder. Duâsı kabul olur. Gelince yıllanmış şaraptan Yahyâ Efendi’ye getirir. Getirir ama, küpteki şarap dergâhın yokuşunda nar suyu olur.. Bunu gören Apostol, şimdiki dergâhın yerini ona verir, Müslüman olur ve Ali ismini alır, müridleri arasına girer. Şimdiki Şeyhin ayakucunda yatmaktadır.

Askerî ve mülkî erkân, ahâlinin ileri gelenleri, hediye ve adak gönderirler, hacetleri için duâ isterlerdi. Yahyâ Efendi, yanına gelen her ziyaretçiye çeşit çeşit yemekler, şerbetler ve meyveler ikrâm eder geleni boş çevirmezdi. Yahyâ Efendi, ömrünün sonuna kadar Beşiktaş’taki yerinde, ibâdet ve mücâhede ile vakit geçirdi. 1570 (h. 978)’de burada vefât etti. Cenaze namazını şeyhülislâm Ebüssü’ûd Efendi kıldırdı. Beşiktaş’taki daha önceden hazırladığı kabrine defnolundu.

Yahyâ Efendi, çeşitli ilimlerde söz sahibi olup, naklî ilimlerden başka; tıp, hikmet, hendese ve fizik gibi aklî ilimlerde de mahâret ve ihtisas sahibi idi. Kânûnî Sultan Süleymân Han, Yahyâ Efendi’nin pek yüksek bir zât olduğunu, Hızır aleyhisselâm ile görüştüğünü bilir, kendisini de görüştürmesini isterdi.

Yahyâ Efendi’nin hanımı Tasasız Sultan’dan iki oğlu olup, vefâtlarında aynı türbeye defnolunmuşlardır. Bu Yahyâ Efendi, Şeyhulislâm Zekeriyezâde Yahyâ Efendi (ö.1644) ile karıştırılmamalıdır. Bazı kaynaklarda Yahyâ Efendi’nin hazretlerinin şâir olup, tasavvufî şiirleri ve müretteb dîvânı’nın olduğu kaydedilmiştir. Halbuki şâir olan ve divânı (Matbaa-i Âmire, İstanbul, 1914, 334 s.) bulunan Şeyhulislâm Yahyâ Efendi’dir.