Bakanlık, mahkeme kararıyla yapılan dinleme ve delillerde şüpheli olmayanların isimlerinin dava dosyasına konulmasının savcıların takdirinde olduğunu belirtti. Bakanlık, 'şüpheli olarak yer almayan şahısların isimlerinin mahkeme kararıyla tespit edilen konuşma kayıtlarından ve ele geçirilen CD'lerden çıkarılması, delillerin değiştirilmesi veya gizlenmesi olarak yorumlanabileceğine' dikkat çekti. Eminağaoğlu, savcılar hakkındaki şikayetinden sonuç alamayınca idari yargıda dava açtı.

YARSAV Başkanı Eminağaoğlu'nun Ergenekon sanıklarıyla yakın ilişkisi Ergenekon iddianamesi ve eklerine yansıyan telefon görüşmeleri ve elde edilen delillerde ortaya çıkmıştı. Eminağaoğlu'nun özellikle Ergenekon sanığı Engin Aydın'la yakın ilişkisi mahkeme kararıyla yapılan telefon dinlemelerine de yansıdı. Eminağaoğlu'nun Aydın'dan Yargıtay üyeliğine seçilmesi için kendisinden yardım istediği telefon görüşmelerine yansımıştı. Aydın'ın ajandasından da Eminağaoğlu'nun Yargıtay üyeliğine seçilmesi için HSYK üyesi Ali Suat Ertosun'a telkinde bulunduğu kaydedilmişti. Eminağaoğlu, iddianamelerde 37 yerde adının geçmesinin hukuka aykırı olduğunu savunarak, Ergenekon savcıları hakkında 'görevde yetkiyi kötüye kullanmak' suçundun soruşturma talebinde bulundu. Adalet Bakanlığı Ceza İşleri Genel Müdürlüğü, Eminağaoğlu'nun şikayeti hakkında işlem yapılmasına yer olmadığı kararını verdi. Bakanlığın Eminağaoğlu'na gönderdiği yazıda Ergenekon savcılarının 'şüpheli' sıfatı taşımayan kişilerin isimlerini dosyadan çıkartmamasının 'yetkilerini kötüye kullanma' olarak nitelendirilemeyeceği, bunun savcıların 'delil toplama, değerlendirme ve suçu vasıflandırma' yetkisi kapsamında kaldığı belirtildi.