Rektör adaylarının belirlenmesiyle ilgili YÖK'ten yapılan açıklamada, ''Üniversitelerimizden gelen seçim sonuçları çoğunlukla aynı sıralamayla kalmış, bazı üniversitelerimizde Kurul üyelerinin oyları doğrultusunda geniş bir mutabakatla değiştirilerek Cumhurbaşkanlığına gönderilmiştir'' denildi.
YÖK Basın ve Halkla İlişkiler Müşavirliği, 21 Temmuz 2008 pazartesi günü gerçekleştirilen Genel Kurul toplantısında belirlenen rektör adaylarıyla ilgili olarak basında çıkan haberlere ilişkin yazılı açıklama yaptı. Açıklamada, şunlar kaydedildi:
''Yükseköğretim Kurulu önceki yıllarda yasanın kendisine verdiği yetki ve sorumlulukla yapmış olduğu rektör adayı belirleme oylamalarında bazı üniversitelerde sıralamaları değiştirmiş, bazılarında da üniversitelerden en yüksek oy ile gelenleri Cumhurbaşkanlığına gönderilen listenin dışında bırakmıştır. 21 Temmuz 2008 tarihli oylamada da üniversitelerimizden gelen seçim sonuçları çoğunlukla aynı sıralamayla kalmış, bazı üniversitelerimizde Kurul üyelerinin oyları doğrultusunda geniş bir mutabakatla değiştirilerek, Cumhurbaşkanlığına gönderilmiştir. Diğer konularda olduğu gibi rektörlük seçim süreci de yasaların belirlediği şekilde Yükseköğretim Genel Kurulunun uyumlu çalışmasıyla sonuçlandırılmıştır.
Bu sebeple rektörlük seçimleri ile ilgili yapılan bazı haber ve yorumların kasıtlı, haksız ve yanlış olduğu değerlendirilmektedir.''