Yargılama sürecinde Tetikçi Alparslan Arslan'ın bağlantılarını ortaya çıkaracak kamera kayıtları ve telefon mesajlarının üzerine gidilmemesi dikkat çekti. İşte Danıştay saldırısında 'karanlıkta bırakıldı' şüphesine neden olan noktalar:
1- Alparslan Arslan'ın saldırıdan 1 gün önce keşif yaptığını gösteren OYAK Güvenlik'e ait Danıştay binasındaki kamera kayıtları incelenmedi. Mahkeme, OYOK Güvenlik'in 'kameraların kayıt yaptığı harddisk bozuk' yazısıyla yetindi. Ancak 4 yıl sonra TÜBİTAK kameraların kayıt yaptığını, görüntülerin silindiğini ortaya koydu.
2- Danıştay binasının yanındaki Sıhhiye Orduevi ile bir bankanın kameralarına ait görüntüler dava sürecinde inceletilmedi. Genelkurmay Başkanlığı, Ergenekon mahkemesine gönderdiği yazıda görüntülerin Ankara Emniyeti'ne gönderildiğini bildirdi. Mahkeme, Danıştay'ın çevresindeki binalara ait kamera görüntülerinin TÜBİTAK'a inceletilmesini istedi.
3- Danıştay davasına bakan Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi tetikçi Arslan'ın saldırıdan önceki 48 saatte gönderdiği 14 mesajın kime gönderildiğini de araştırmadı. Arslan, saldırıdan bir gün önce "Bir eksiğin var mı?", "İçeride mi dışarıda mı?", "Uygun yer mi", "Bilmiyorum yolcuyu görmeli miydim?" şeklinde gönderdiği mesajları Elif adlı kız kardeşine attığını söyledi. Ancak, kız kardeşi Elif'in ifadesi alınmadı ve telefonu inceletilmedi.
4- Savcılık ise Arslan'ın kardeşi Elif Arslan ve babası İdris Arslan'ın yaşadığı evde de hiçbir araştırma yaptırmadı.
5- Olaydan önce Arslan'ı Danıştay önünde iki kişiyle birlikte gördüğünü söyleyen tanık Aysel Sağlam, olaya karışan şüphelilerle yüzleştirilmedi. Sağlam'a kamera kayıtlarından da gördüğü kişiler teşhis ettirilmedi.
6- Danıştay davası sürerken, Ergenekon soruşturmasında, saldırısının bireysel eylem olmadığını ortaya koyan bilgiler ortaya çıktı. Emekli Yüzbaşı Muzaffer Tekin'in, Alparslan Arslan'la bağlantısı tespit edildi. Danıştay sanığı Osman Yıldırım, Ergenekon sanığı emekli Tuğgeneral Veli Küçük'ün Cumhuriyet'e saldırıyı organize ettiğini itiraf etti. Bunlara rağmen mahkeme ve savcılık saldırıdaki örgütsel bağlantıyı araştırma gereği duymadı.