İddianamede Genelkurmay Karargâhı'ndaki belge temizliği adım adım anlatılıyor. Bilgi Destek Dairesi Başkanlığı'nda görevli subaylar ile aynı birimdeki sivil memurlar "İrtica ile Mücadele Eylem Planı"nın ortaya çıkmasından sonra şubede büyük bir temizlik yapıldığını belirtiyor. İfadelere göre birçok belge, kırpma makinesine koyulup imha edilirken şubedeki bilgisayarlar alındı.
Soruşturmayı yürüten savcılar Karar-gâh'ta görevli 20 subay, memur ve erleri tanık olarak dinledi. İddianameye yansıyan ifadelerde kirli tezgah belgesinin 12 Haziran 2009'da Taraf gazetesinde yayımlanmasından sonra Genelkurmay'da hummalı bir temizlik işlemi yapılmış. Tanıklardan Albay Ziya İlker Göktaş, Kara Kuvvetleri Komutanlığı İstihbarat Okulu'nda görev yaptığını, 19 Haziran 2009 Cuma günü akşamı bir düğünde iken Albay Nuri Yıldırım'ın araması ile şubeye çağrıldığını ve burada işe yaramayan eski belgelerin toparlanıp arşive konulmasının söylendiğini anlatıyor. Göktaş, bu işlemin "İrtica ile Mücadele Eylem Planı" isimli belgenin basında yer almasından bir hafta sonra yapıldığını belirtiyor. Çalıştığı şube olan 2. Bilgi Destek Şube Müdürlüğü'nün görevleri arasında, "irtica ile mücadele ve misyonerlik faaliyetlerinin takibi" gibi işlemler bulunduğunu anlatan Göktaş, ayrıca şubenin takip ettiği "irtica.org-aslan.org" isimli internet sitelerinde de TSK ile ilgili çıkan olumlu haberlere yer verdiklerini anlatıyor. Göktaş, bu internet sitelerinde süreleri dolanlarının yenilenmesi için bir kez kredi kartıyla ödeme yaptığını ve daha sonra parayı da Genelkurmay'dan aldığını ifade ediyor. Bilgisayarlarının MEBS Başkanlığı'na gönderildiğini, kendilerine bilgisayarlarda çalışmama talimatı verildiğini anlatıyor. Bilgi Destek Şube Müdürlüğü'nde çalışanların yerlerinin değiştirildiğini ve kendisinin de imzası olan "İnternet andıcı" olarak gündeme gelen Nisan 2009 andıcının doğru olduğunu beyan ediyor.
Genelkurmay Bilgi Destek Daire Başkanlığı'nda veri hazırlama memuru olarak görev yapan Meltem Ağırgün, üstlerinin emriyle usule aykırı olarak belgeleri imha ettiklerine dair tutanak tutulmadığını, aynı imha işlerini diğer dairelerin de yaptığını, Dursun Çiçek ile birlikte çalıştığı 2004-2007 yılları arasında internet sitelerinin takibi işlemleri ile uğraştığını, günlük olarak bu siteye medyadan haberler koyduğunu ifade ediyor.
1997-2009 yılları arasında 2. Bilgi Destek Şube Müdürlüğü'nde sivil memur olarak görev yapan Hakan Kaya, söz konusu belgenin medyada yer almasından sonra 19 Haziran 2009 Cuma günü mesai bitimi sonrasında daireye çağrıldığını ve gece 02.00-03.00'e kadar belge imha ettiklerini belirtiyor. Kaya, imhalara ilişkin herhangi bir tutanak tutulmadığına dikkat çekiyor.
Albay Cemal Gökçeoğlu ise, Genelkurmay 5. Bilgi Destek Şube Müdür-lüğü'nde çalıştığını, kamuoyuna "İnternet andıcı" olarak yansıyan belgede kendisinin de imzasının olduğunu, ancak bu belgenin içeriğine herhangi bir katkısının olmadığını, sadece sorumluluğunun evrakın dağıtımı ile ilgili olduğunu, bu belgelerin hazırlanmasında ve içeriğinde hukuki bir sakınca olup olmadığının Genelkurmay adli müşavirlerince incelendiğini savunuyor. Her sene arşiv yönergesine göre mevcut evraklardan devamlılığı olmayanların imha edildiğini, "İrtica ile Mücadele Eylem Planı"nın basında yer almasından sonra verilen emir gereğince imha işlemlerinin 19-20 Haziran 2009 tarihlerinde yapıldığını, kırpılan evrakların torbalar içerisinde atık kağıt birimine teslim edildiğini anlatıyor.
Bilgi Destek Daire Başkanlığı'nda Tümgeneral Mustafa Bakıcı'nın habercisi olarak çalıştığını söyleyen Cüneyt Alkan ise plan çıktıktan sonra Dursun Çiçek'in Tümgeneral Mustafa Bakıcı ile görüşme talep ettiğini fakat bu görüşme öncesi 'evrak kırpma olayının' başladığını aktarıyor. Alkan, dairede görevli sivil memurları toplayıp, evrakların imha edileceğini söylediklerini, emrin, Hulusi Gülbahar, Dursun Çiçek ve İlker Ziya Gökalp albaylardan geldiğini dile getiriyor. Alkan, savcılara, o gece sabaha kadar evrak imha ettiklerini belirterek, "Yapılan çalışmalar sonucunda 4-5 araba dolduruldu. İmha edilen evraklar siyah torbalara konuldu. Evraklar Karargâh'ın içinde bu iş için tahsis edilen yerde kırpıldı, kırpılacak evrakın çoğunu Albay Nuri Yıldırım getirdi." diye konuştu.