Genelkurmay Başkanlığı'nın intrernet sitesinden yapılan yazılı açıklamada şöyle denildi:
1. 23 Ekim 2009 tarihinden itibaren medyada, “İrticayla Mücadele Eylem Planı”na ilişkin yeni bazı haberler yer almaya başlamıştır.
2. Söz konusu planın 12 Haziran 2009 tarihinde medyada gündeme getirilmesini müteakip, hemen aynı gün saat 10:50’de Genelkurmay Başkanlığı Askeri Savcılığınca soruşturmaya başlanılmıştır.
3. Başlatılan soruşturma, 24 Haziran 2009 tarihinde, 12 gün sonra sonuçlanmış ve sonuçlar kamuoyuna açıklanmıştır.
4. Soruşturma, aynen adli yargı teşkilatı içerisindeki Cumhuriyet Başsavcılıkları gibi, Anayasal teminatlar altında bağımsız bir şekilde yargısal faaliyetlerde bulunan Genelkurmay Başkanlığı Askeri Savcılığı tarafından yürütülmüştür.
Askeri Savcılık, yasalar çerçevesinde tüm hususları incelemiş ve bir karara ulaşmıştır.
Askeri Savcılık tarafından verilen karara, bağımsız ve tarafsız bir soruşturma neticesinde ulaşılmıştır. Hukuka saygılı olduğunu ifade eden hiç kimsenin, söz konusu karara karşı saygısız tavırlar içine girme ve karara gölge düşürmeye çalışma hak ve yetkisi yoktur.
5. Soruşturma devam ettiği sırada, Dz.P.Kur.Alb. Dursun ÇİÇEK; bulunduğu görevden alınarak Genelkurmay Ana Karargahı binası dışında bulunan Terörle Mücadele Mükemmeliyet Merkezi Akademik Kurulu’nda geçici olarak görevlendirilmiş, 4 Eylül 2009 tarihinde de Deniz Kuvvetleri Komutanlığı Karargahına atandırılmıştır.
6. Sayın Genelkurmay Başkanı, 26 Haziran 2009 tarihindeki iletişim toplantısında aşağıdaki açıklamaları yapmıştır:
a. "Türk Silahlı Kuvvetleri, hukuk devleti ve demokrasi ilkelerine bağlıdır ve saygılıdır."
b. "Bu ilkelere aykırı düşünce içinde olan ve davranışlarda bulunan personelini Türk Silahlı Kuvvetleri bünyesinde barındırmaz."
c. "Hukuk açısından yaşadığımız olayda bugün gelinen nokta (26 Haziran 2009) iddia edilenin bir belge olmadığını bize göstermektedir."
ç. "Genelkurmay Başkanlığı Askeri Savcılığı, Kovuşturmaya Yer Olmadığı Kararı vermiştir. Kovuşturmaya Yer Olmadığı Kararı kesin değildir. Bu belgenin doğru olduğuna ilişkin yeni delil, bilgi veya emare çıkarsa, elbette bu soruşturma tekrar açılabilir."
7. Bugün gelinen süreçte ise, konunun basında yapılan haberlerle tekrar ve farklı bir şekilde gündeme getirilmesi bir ihbar kabul edilerek, 353 sayılı Askeri Mahkemeler Kuruluşu ve Yargılama Usulü Kanunu kapsamında askeri yargı görev alanına giren konuların kapsamlı bir şekilde araştırılması maksadıyla Genelkurmay Askeri Savcılığınca, 26 Ekim 2009 günü saat 13:30’da soruşturmaya başlanılması sağlanmıştır.
8. Şayet, ortada delil değeri taşıyan bir belge mevcut ise, bunun bulunması gereken yerin basın organları değil, yetkili soruşturma makamları olduğunda şüphe bulunmamaktadır. Bu nedenle, 24 Ekim 2009 tarihinde Genelkurmay Başkanlığı’nca yapılan açıklamada; adli makamlara gönderildiği öne sürülen ihbar mektubunun, soruşturmanın gizliliği ilkesi ihlal edilerek basına sızdırılmasının ve bunun ne amaçla ve kimler tarafından yapıldığının düşünülmesi gereken bir nokta olduğuna dikkat çekilmiştir.
Bu tip davranışlar, soruşturmaların şüpheli hale gelmesine ve kurumlar arasında güvensizlik ortamının doğmasına neden olabilecektir. Yaşanan gelişmelerin, konuyla ilgili yeni deliller yaratmaya yönelik çabalar olarak algılanması dahi mümkündür ki, bu husus şüphesiz hukuk devleti ilkesi ile bağdaştırılamaz.
Soruşturmalarda, soruşturmanın gizliliği ilkesinin ve masumiyet karinesinin her zaman dikkate alınması gerekliliği açıktır. Bu kapsamda, soruşturma konusu olaylarla ilgili olarak yargısız infaz sonucunu ortaya çıkarabilecek davranışlardan kaçınılmalı, soruşturmanın gizliliğinin ihlali anlamına gelebilecek bilgi ve belge sızdırma eylemleri önlenmeli ve failleri cezalandırılmalıdır.
Belirtilen bu hususlar, hukuk devletinin olmazsa olmazlarındandır ve bugün, bu konuda gelinen nokta vahimdir.
9. Türk Silahlı Kuvvetleri, her ortamda, hukuk devleti ilkelerine, hukukun üstünlüğüne, soruşturma usul ve yöntemlerine bağlı olduğunu söylem ve eylemleriyle ortaya koymuştur ve koymaya da devam edecektir.
Kamuoyuna saygı ile duyurulur.