Soruşturma kapsamında Gölcük ve Eskişehir'de ele geçirilen belgelerle ilgili hazırlanan iddianame İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi. Harp Akademileri Komutanı Orgeneral Bilgin Balanlı'nın da aralarında bulunduğu 28 şüpheli hakkında "Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini ortadan kaldırmaya eksik teşebbüs" suçundan 15 yıldan 20 yıla kadar hapisle cezalandırılmaları isteniyor.
İddianamede savcılık sorgusunun ardından mahkemeye sevk edilmeden serbest bırakılan general ve amiraller de bulunuyor. İddianamede yer alan sanıklar şunlar: Orgeneral Bilgin Balanlı, Korgeneral Turgut Atman, Tümgeneral Nedim Güngör Kurubaş, Tümgeneral Bülent Kocababuç, Tümgeneral İsmail Taş, Tümgeneral Beyazıt Karataş, Tümamiral Ahmet Sinan Ertuğrul, Tuğgeneral Mehmet Eldem, Tuğgeneral Mustafa Erhan Pamuk, Albay Mehmet Örgen, Albay Halit Nejat Akgüner, Albay Ahmet Zeki Üçok, Albay Onur Uluocak, Albay Rafet Oktar, Albay Emin Hakan Özbek, Albay Ahmet Dikmen, Albay Ahmet Erdem, Albay Ali Cengiz Şirin, Albay Servet Bilgin, Albay Sinan Topuz, Albay Cumhur Eryüksel, Yüzbaşı Tülay Delibaş, Binbaşı Refik Levent Tezcan, Binbaşı Doğan Uysal, Binbaşı Ayhan Üstbaş, emekli Albay Hakan Büyük ve Bülent Günçal.