Askeri casusluk ve şantaj soruşturması kapsamında iki subay arasında terör örgütü üyelerine zarar verdiği gerekçesiyle Heronların düşürülmesiyle ilgili ses kaydının da incelendiği öğrenildi. Geçtiğimiz Temmuz ayında ortaya çıkan ve iki subay arasında yapıldığı belirtilen konuşmada Heronların terör örgütü PKK militanlarına zayiat verdirdiği gerekçesiyle düşürülmesi ya da koordinatlarının değiştirilmesi isteniyordu. Söz konusu ses kayıtlarının Askeri casusluk ve şantaj soruşturması dosyasında yer aldığı belirtildi. Söz konusu konuşmayı yaptığı öne sürülen askerlerle casusluk soruşturmasındaki şüpheliler arasında bağlantı olduğu ve bu konunun savcılık tarafından incelemeye alındığı ifade edildi.
Temmuz ayında bir gazetede çıkan haberde Hava Pilot Üsteğmen Fırat Ç., Hava Pilot Yarbay Selami Selçuk Ç.'yi arayarak PKK elemanı olan kendi adamlarının çok zayiat verdiğini ve bu yüzden Heronların düşürülmesini ya da koordinatlarının değiştirilmesini istediği ileri sürülmüştü. Yarbay Ç'nin de, "Çaresine bakacağız." cevabını verdiği belirtilen ses kayıtlarını Milli İstihbarat Teşkilatı'nın (MİT) tespit ettiği belirtilmişti.
Skandal konuşmayı tespit eden MİT, gereğinin yapılması için konuyu Kara Kuvvetleri Komutanlığı'na iletti. Dönemin Kara Kuvvetleri Komutanı Orgeneral İlker Başbuğ, 28 Ekim 2007'de olayla ilgili soruşturma emri verdi.
Konuşmayı yapan subayların Hava Kuvvetleri Askerî Savcılığı'nda devam eden İP/Karargâh Evleri soruşturmasında adlarının geçmesi nedeniyle soruşturmanın bu dosya üzerinden devam etmesi için 9 Eylül 2008 tarihinde yetkisizlik kararı verilerek dosya Hava Kuvvetleri Askerî Savcılığı'na gönderildi. Dosyanın takibatı Hava Kuvvetleri Askerî Savcılığı'ndaki İP/Karargâh Evleri dosyasını yürüten Hava Hakim Albay Ahmet Zeki Üçok'a verildi. Üçok, Heron dosyasını Karargâh Evleri dosyasıyla birleştirmedi.
Üçok, dosyada sadece Hava Pilot Üsteğmen Fırat Ç.'yi şüpheli olarak dinledi. Yarbay Selami Selçuk Ç.'yi ise tanık sıfatıyla dinlendi. Üçok'un 'sahte çürük raporu' soruşturmasından tutuklanması üzerine Hava Kuvvetleri Askerî Savcılığı'na atanan Hakim Albay Hakan Özbek ise dosyadaki sanıklardan birinin amiral olması ihtimaline binaen soruşturmayı yürütecek mercinin Genelkurmay Askerî Savcılığı olduğunu belirterek görevsizlik kararı verdi. Hava Kuvvetleri Askerî Savcılığı'nın yetkisizlik kararının ardından, Genelkurmay Askerî Savcısı Hakim Binbaşı Yaşar Yüce, Nisan 2010'da 'yetkisizlik' sonucuna vardı. Dosya, ihtilafın giderilmesi için Milli Savunma Bakanlığı Adalet İşleri Başkanlığı'na gönderildi. Başkanlık ise dosyaya bakmakla görevli yerin Genelkurmay Askerî Savcılığı olduğu kararını verdi.
CİHAN