Gölcük Donanma Komutanlığı’nda ortaya çıkan yeni Balyoz belgeleri, davanın bir numaralı sanığı Çetin Doğan başta olmak üzere ortaya atılan “komplo” iddialarını çürütürken, TSK’dan dava hakkında ilginç bir açıklama yapıldı. Genelkurmay Başkanlığı, Balyoz davasında yeni bulunan belgeler dolayısıyla yapılan haberlerde "masumiyet karinesinin korunması" ve "özel hayatın gizliliği" ciddi biçimde ihlal edildiğini iddia etti. Genelkurmay, "Yargılama sürecinin "kamuoyu yargısı' şekline dönüştürülmek ve olumsuz yönde etkilenmek istendiği açıkça görülmektedir" dedi.
Genelkurmay Başkanlığı'nın internet sitesinde yer verilen basın açıklamasında, İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığınca 6 Aralık 2010 tarihinde Donanma Komutanlığında cumhuriyet savcısı nezaretinde askeri personel tarafından yapılan aramada birtakım malzeme ve doküman bulunduğu ve konuyla ilgili olarak askeri savcılıkça adli soruşturma başlatıldığı hatırlatıldı.
İdari soruşturmanın devam ettiği belirtilen açıklamada, şunlar kaydedildi: ''Bulunan dokümanın bir kısmı 10. Ağır Ceza Mahkemesince 19 Ocak 2011'de ilgili taraflara dağıtılmıştır. Bu tarihten itibaren, bazı medya organlarında, ortaya atılan her iddiayı peşinen doğru kabul eden, adı geçen herkesi suçluymuş gibi gösteren ve farklı yollarla bunu başkalarına da kabul ettirmeye çalışan bir yaklaşım belirmiştir. Bu şekilde yapılan yayınlarla, 'kişilerin masumiyet karinesinin korunması' ve 'özel hayatın gizliliği' ilkelerinin ciddi şekilde ihlal edildiği, yargılama sürecinin 'kamuoyu yargısı' şekline dönüştürülmek ve olumsuz yönde etkilenmek istendiği açıkça görülmektedir. Türk Silahlı Kuvvetleri, demokrasi, hukukun üstünlüğü ve anayasal değerlere bağlı bir kurum olarak, aksi yönde yapılan telkinlere rağmen, yargı sürecini sabır, sükunet ve itidalle izlemekte, bu çerçevede bağımsız ve tarafsız olduğuna inandığı yargının er ya da geç doğruyu ortaya çıkarmasını beklemektedir.''