Edinilen bilgilere göre, Kasım (2009) ayında tutuklanarak askeri cezaevine konulan Üsteğmen Ersin Ergut'un işyeri ve evinde yapılan aramalarda Cihaner'le ilgili çarpıcı deliller ele geçirildi. Aramalarda Ergut'un el yazısıyla "fetullah gülen grubunun suç örgütü olduğu ispatlanacak, bu konuda delil yaratılacak." şeklinde not tuttuğu tespit edildi. Ergut, notların kendisine ait olduğunu itiraf ederken, notları haftalık ve günlük toplantılarda aldığını söyledi. Üsteğmen Ergut, notları tuttuğu bazı toplantılara Başsavcı Cihaner'in katıldığını ve başkanlık ettiğini belirtti.
HSYK'nın 4 savcının özel yetkisini kaldırması sonrası gözler yetkisi kaldırılan Erzurum Cumhuriyet Savcısı Osman Şanal'ın yürüttüğü soruşturmaya çevrildi. Erzincan Cumhuriyet Başsavcısı İlhan Cihaner, Erzurum 2. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından Ergenekon terör örgütü üyesi olmak suçlamasıyla tutuklandı. Savcı Şanal'ın Cihaner'le ilgili önemli delillerle tutuklama talebinde bulunduğu öğrenildi. Edinilen bilgilere göre, soruşturma kapsamında 18 Kasım 2009 tarihinde gözaltına alındıktan sonra tutuklanan ve askerî cezaevine konulan Erzincan Jandarma İstihbarat Şube Müdür Yardımcısı Jandarma Üsteğmen Ersin Ergut'un işyeri ve evinde yapılan aramalarda Cihaner'le ilgili çarpıcı delillere ulaşıldı. Aramalarda Ergut'un el yazısıyla "fetullah gülen grubunun suç örgütü olduğu ispatlanacak, bu konuda delil yaratılacak." şeklinde not tuttuğu tespit edildi. Ergut, ifadesinde bu notların kendisine ait olduğunu itiraf ederken, notları haftalık ve günlük toplantılarda aldığını söyledi. Üsteğmen Ergut, sorgusunda tuttuğu notlara ilişkin toplantıların tarihini hatırlamadığını ancak bazı toplantılara Başsavcı Cihaner'in de katıldığını ve başkanlık ettiğini belirtti. Başsavcı Cihaner hakkında gizli tanık Erzincan ile gizli tanık X de çarpıcı iddialarda bulundu. Gizli tanıklar, üst düzey jandarma yetkililerinin ve Başsavcı'nın bazı cemaat ve kişileri suçlamak için evlerine silah ve mühimmat yerleştirmeye çalıştıkları ve barajdan çıkan bombaları polise mal etmek için şantaj dahil her yolu denediklerini iddia etti.
Gizli tanık X, Erzincan İl Jandarma Komutanı Ali Tapan ve jandarma istihbarat personelinin kendisiyle görüşerek, 27 Ekim'de Erzincan'da Çatalarmut Barajı'nda bulunan çok sayıda el bombası ve mühimmatı emniyetin koyduğu yönünde gizli tanıklık yapmasını istediklerini söyledi. Erzincan'da bulunan mühimmatın polis tarafından konulduğu izleniminin verilmesi için "ele geçirilen silah ve mühimmatın Erzincan Emniyeti tarafından bu bölgeye konulduğu" yönünde ifade vermesinin istendiğini söyleyen gizli tanık X, bu yönde ifade vermesi halinde kendisine her türlü maddi ve manevi yardımın yapılacağı konusunda teminat verildiğini belirtti. Gizli tanık, jandarmanın kendisine Erzincan Cumhuriyet Başsavcısı İlhan Cihaner ile görüştürüleceğini, Başsavcı Cihaner'in soruşturma dosyasının Erzincan'da kalmasını sağlayacağını söylediklerini kaydetti. Erzurum Özel Yetkili Cumhuriyet Savcısı tarafından yaptırılan incelemede ise gizli tanıkların ifadelerinin, telefon görüşmeleri ve buluşmalara ilişkin teknik detaylarla örtüştüğü adli olarak tespit edildi.
Gizli tanık Erzincan ise Erzincan Jandarma İstihbarat'ına yaklaşık bir yıldır muhbirlik yaptığını, jandarmada görevli istihbarat elemanlarının kendisine, 'Erzincan'da kaldığı cemaatlere ait ev, yurt ve eğitim kurumlarına silah, mühimmat, vb. suç unsurları ve kamera yerleştirmesinin istendiğini' anlattı. Kendisinin bunu kabul etmemesi üzerine 800 bin TL para teklifinde bulunulduğunu, bunu da reddetmesi üzerine Erzincan Cumhuriyet Başsavcısı İlhan Cihaner ile görüştürüldüğünü vurgulayan gizli tanık Erzincan, Cihaner'in "Ağabeylerinin senden yapmanı istedikleri şeyleri yapmanı bekliyoruz." dediğini ifade etti.
Cihaner, Jandarma Üsteğmen Ergut ile gizli tanıkların ifadeleri doğrultusunda elde edilen deliller ışığında tutuklandı.