Ergenekon soruşturması kapsamında güvenlik görevlilerinin arama yaptığı Başkent Üniversitesi'ne gelen Yılmaz Ateş, "Yaşananlar sadece iktidar partisinin değil Türkiye'nin ayıbı. Şu anda iktidar terörü yaşanıyor. Türkiye bu ayıbı temizleyemez. Buna herkes tepki göstersin." dedi.
Kendisinin 12 Mart ve 12 Eylül gibi darbe süreçlerini yaşadığını, ama hiçbir zaman televizyon ve üniversitelerin basılmadığını söyleyen CHP'li Ateş, "Türkan Saylan ve Mehmet Haberal çok değerli bilim adamlarıdır. bilim adamları içeri atılıyor." dedi. Yılmaz Ateş, arşivlerine el konan Kanal B televizyonunun nasıl yayın yapacağını sordu.
AK Parti iktidarını Hitler'e benzeten Yılmaz Ateş, Hitler'in seçimle işbaşına geldikten sonra terör estirdiğini ifade etti. Ateş, Başkent Üniversitesi'ndeki aramayı '29 Mart seçimlerinin rövanşı' olarak nitelendirdi