Gölcük Donanma Komutanlığı'nda ele geçirilen Balyoz İddianamesi ek klasörlerindeki belgelerde, harekâtın gerçekleşmesi durumunda desteklenecek ve ortak çalışılacak dernekler bir bir sıralanıyor.
Belgede İstanbul'da faaliyet gösteren mason ve Lions derneklerinin bütün şubeleri ayrıntılı bir şekilde yazılmış.
Altında İstanbul Şube Müdürü Jandarma Kıdemli Albay Kubilay Aktaş'ın adının yer aldığı belgede İstanbul'da planı destekleyecekler arasında şu dernekler sıralanıyor:
BALYOZ'A DESTEK VERECEK DERNEKLER
Atatürkçü Düşünce Derneği,
Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği,
Hür ve Kabul Edilmiş Masonlar Büyük Locası Derneği,
Lions Kulüp Dernekleri, Leo Kulüp Dernekleri,
Rotary Kulübü Dernekleri,
Türkiye'deki Humboldt Bursiyerleri Derneği,
Büyük Mason Mahfili Derneği,
Küçük Mahfel Kulübü Derneği,
Mustafa Kemal Derneği, Darüşşafakalılar Derneği,
Terakki Vakfı Terakki Okulları Koruma Derneği,
Lozan Mübadilleri Derneği, Türkiye Kuvayi Milliye Mücahitler Derneği, H
alkevleri Derneği.
KAPATILACAK DERNEKLER
Aynı dosya içerinde yer alan bir diğer belgede ise harekâttan sonra İstanbul'da kapatılacak dernekler sıralanıyor.
Bu bağlamda azınlıklara ait birçok dernek;
Helsinki Yurttaşlar Derneği,
İnsan Hakları Derneği, İlim Yayma Cemiyeti, Türkiye-Yunanistan Dostluk Derneği, Adaleti Savunanlar Derneği,
Müstakil Sanayici ve İş Adamları Derneği (MÜSİAD) gibi dernekler yer alıyor.