ADD'nin 80 bini aşkın üyesiyle Türkiye'nin en büyük demokratik kitle örgütü olduğu belirtilen iddianamede, Ergenekon yapılanmasının ADD yönetiminin ele geçirilmesi için 10 Haziran 2000 tarihinde yapılacak Genel Kurulu'na tüm olanaklar ile hazırlanılması gerektiği belirtildi.
İddianamede, "Örtülü faaliyetler bir" isimli dokümanda; "Atatürkçü Düşünce Derneği" başlığı altında; Yekta Güngör Özden tarafından kurulan Atatürkçü Düşünce Derneği'nin, Pentagon tarafından Türkiye ve Avrasya Bölgesinde faaliyet gösteren sivil toplum örgütlerinin merkezi olarak tasarlandığı ve kurdurulduğuna yer verildi.
İddianamede, "Genel Yapı" isimli dokümanda, Atatürkçü Düşünce Derneğinin 477'i aşan Şube ve 80 bini aşan üyesi ile Türkiye'nin en büyük demokratik kitle örgütü olduğuna vurgu yapılarak şöyle denildi; "Özellikle Refah-Yol hükümeti döneminde, gericilik ve irtica ile mücadele çerçevesinde düzenlediği etkinliklerle ADD'ye katılımların arttığı, irtica ile mücadele çerçevesinde Anıtkabire milyonları yönlendirebilen, Cumhuriyet için telin mitingleri düzenleyen ADD'nin son yıllarda etkinliğinin tamamen azaldığı....Devamında ADD yönetimine ve Genel Başkanına yönelik eleştiriler yapıldığı, bu çerçevede ADD yönetiminin irtica ve çetelerle mücadele etmediği, ülke meselelerini konuşmadığı ve bu konuda şubelerine aydınları dahi davet etmediği, bu nedenle ADD'nin bugünkü yönetimden biran evvel kurtulması ve Kemalist bir yönetime kavuşması gerektiği, bu çerçevede de 10-11 Haziran 2000'de yapılacak olan ADD Genel Kurulu'na tüm olanaklar ile hazırlanılması gerektiği..."
Bu dokümanın hemen altında ise "ÜSİAD sayın Kemal Özden" başlığı ile başlayan bir yazı metni olduğu, yazının içeriğinde ise Genel Yapı dokümanında belirtilen konulara cevap teşkil edecek şekilde bir değerlendirme olduğu, dolayısıyla "Genel Yapı" isimli dokümanın Kemal Özden tarafından hazırlandığının anlaşıldığı belirtildi.
İddianamede, Kemal Özden'e hitaben yazılan yazıda ise, Atatürkçü Düşünce Derneği ile ilgili "durum özetine" ilişkin görüşlerinizi bildiren yazının incelendiği, ADD'nin faaliyetleri ve kamuoyunda yarattığı dinamizmin bir taraftan dış istihbarat örgütlerinin rahatsız ettiği ve bu durumu raporlarına yansıttıkları, diğer taraftan da yurt içersinde bazı kesimlerinde dikkatini çektiği, psikolojik savaşın en ucuz, en etkin ve başarıya ulaştıran en kısa yolun "sivil toplum örgütleri"nden geçmekte olduğu, bu kapsamda ADD'nin öneminden bahsedildiği, ADD'nin tüm faaliyetlerinin sanıldığının ötesinde büyük bir dikkat ve titizlikle izlendiği ve bundan sonraki çalışma ve faaliyetlerinin de izlenmeye devam edileceği, bunların yanı sıra 10-11 Haziran 2000 tarihinde gerçekleştirilecek olan ADD Genel Kuruluna da iyi bir şekilde hazırlanılması gerektiğinin belirtildiği tespit edilmiştir. " ifadelerine yer verildi.