Komisyonun, 10 başlık altında hazırladığı raporun ''Dünyada ve Türkiye'de milli güvenlik kavramının ortaya çıkışı'' bölümünde, Türkiye'de, milli güvenlik algısının oluşmasına etki eden unsurlar irdelendi.
Raporda, Milli Güvenlik Siyaseti Belgesi'ne 1972 yılında giren irtica kavramının, Refahyol Hükümeti döneminde, 28 Şubat 1997 tarihli MGK kararıyla, terörün önüne geçecek şekilde ''birinci dereceli tehdit'' algısı olarak tanımlandığı ifade edildi.
Söz konusu dönemde, hükümetler üzerindeki baskıcı tavrı nedeniyle, MGK'nın; kamuoyu nezdindeki itibarının yavaş yavaş tartışılır hale geldiği, asker-sivil ilişkilerinde askerin her alanda inisiyatif kullanmış olmasının, siviller üzerinde korku ve endişeye sebebiyet verdiği belirtildi.
MGK'nın, dayandığı hukuki mevzuatı açısından hükümete danışmanlık hizmeti vermek üzere kurulmuş gözükmesine rağmen, ülkenin kaderini etkileyecek konularda ''yüksek siyasete'' yön verme aracı olarak kullanıldığı, hükümetlerin ise bu duruma uzun yıllar ses çıkaramadığı vurgulandı.
MGK'nın, uzun yıllar boyunca, ''milli güvenlik'' olarak takdim edilen ''sihirli kavramın'' arkasına sığınarak, gizlilik şemsiyesi altında, TBMM iradesinin ve kamuoyunun bypas edildiği bir yapı haline geldiği ifade edildi.
Raporda, MGK Genel Sekreterliği'nce, Toplumlar İlişkiler Başkanlığı tarafından, 1990'lı yıllardan itibaren ''Kürt meselesi'' hakkında yurt içine yönelik psikolojik harekat çalışmaları yürütüldüğü, bu çerçevede, bazı akademisyenlere Kürt kimliğinin, Türk milliyetçiliği içinde eritilmesi yönünde bilimsel çalışmalar hazırlatıldığının anlaşıldığı belirtildi.
''Komutana itaat kültürünün aşırı noktaya ulaştı''
Raporda, komisyonun görüşlerine başvurduğu bilim adamı ve gazetecilerin birçoğunun, Türkiye'de darbe kültürünün yok edilmesi için askeri eğitime öncelik verilmesine dikkati çektiği, bu okulların müfredatının gözden geçirilmesini istediğini, askerin katı bir disiplin anlayışıyla yetiştirildiğini, ''komutana itaat'' kültürünün çoğu zaman aşırı bir noktaya ulaştığını ifade ettikleri kaydedildi.
Turgut Özal 'ın ölümü
8. Cumhurbaşkanı Turgut Özal'ın ölümün ilişkin ifadelerin de yer aldığı raporda ''1990’lı yılların dönüm noktasını, 8. Cumhurbaşkanı Turgut Özal'ın beş ülkeyi kapsayan 12 günlük Orta Asya gezisinden sonra 17 Nisan 1993 tarihinde ani şekilde ölümü teşkil etmiştir. Özal'ın ölümündeki şüpheler bugün de devam etmektedir" denildi...
Sivas olayları
Raporda, Sivas olaylarına ilişkin, ''Sivas olaylarındaki görünürdeki neden, Şeytan Ayetleri adlı kitabın Türkiye'de yayımlanmasıyla gündemde olan Aziz Nesin'in kutlamalara bizzat katılması idi. Sivas olaylarındaki hadiselerin bu boyuta ulaşmasında, idarenin yönetim zafiyeti ve devletin Ankara'ya bu kadar yakın mesafedeki bir ilde takviye kuvvet noktasında yetersiz kalması sonucunda devletin vahim bir hatası olduğu sonucuna varılmıştır. Bu olay kamuoyunda şeriatçı grupların organize ettiği gerici bir ayaklanma olarak takdim edilmiştir. Türkiye'de Sünni-Alevi ayrışmasını körükleyen Madımak olayı , kimilerine göre 28 Şubat sürecine gidişin bir kilometre taşı olarak görülmüştür'' denildi.
Demirel'e özel brifing
Raporda dönemin Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel 'e MİT ve Genelkurmay karargahında "irticai faaliyetler" konulu iki ayrı öze birifing verildiği de belirtildi.
Söz konusu brifinglerde "İslamcı Unsur olarak gösterilen Refah Partisi 'nin ve ona yakın çizgideki milli görüşçü vakıf, dernek gibi örgütlenmelerin, diğer İslamcı gruplarla beraber, yasa dışı faaliyetler yürüttükleri öne sürülerek, bu faaliyetlerin, Türkiye'nin istikrar ve güvenliğini tehdit eder boyuta geldiği öne sürülmektedir" şeklinde ifadelere yer verildi.
27 Nisan e-bildirisi
Raporda, 27 Nisan e-bildirisine de değinildi. Söz konusu bildiri, Hükümet'in bildiriye yanıtı ve kamuoyunun bildiriye tepkisinin irdelendiğini raporda, şu ifadelere yer verildi:
''Genelkurmay Başkanlığı'nın 27 Nisan tarihli basın açıklaması ve sonrasında yaşanan süreç, Türk siyasi tarihi bakımından bir kırılmayı ifade etmektedir. Söz konusu basın açıklaması ile demokrasiye müdahale etmeye yönelik girişim, sivil iktidarın bu müdahale karşısındaki yerinde tutumu ve tutumunu sürdüreceği yönündeki iradesi karşısında başarısız olmuştur. Bu müdahale girişimi, cumhurbaşkanlığı seçim sürecini başlatmış ve bu seçimi tamamlamadığı takdirde hızla seçim sürecine girmek durumunda olan Hükümetin en zayıf olduğu anına getirilmek istenmiştir.
Ayrıca ilk tur oylamanın yapıldığı ve sorunun yüksek mahkemenin gündemine taşındığı bir günün gecesinde yapılmış olması da gerek siyasetin gerekse yargının tesir altında bırakılmak istendiğini göstermektedir. Ancak Hükümet'in bu açıklama karşısındaki tutumu ve ardından girdiği seçimlerde gösterdiği başarı bütün süreci tersine çevirmiştir."