Kuvvayı Milliye Derneği'nin Ergenekon'un sivil toplum kuruluşlarındaki yapılanması olduğu öne sürülen iddianemede, "Ergenekon Terör Örgütünün sivil toplum kuruluşlarındaki bir yapılanması olan Kuvayı Milliye derneğinin illegal yapılanmasında yer alan örgüt üyelerinin bir taraftan Gazeteci Yazar Fehmi Koru ve Orhan Pamuk gibi isimlere suikast yapmak için hazırlıklar yaptıkları görülürken, diğer taraftan da DTP'li Diyarbakır Belediye Başkanı Osman Baydemir , DTP Genel Başkanı Ahmet Türk ve DTP milletvekili Sebahat Tuncel gibi isimlere suikast hazırlıkları planladıkları da görülmektedir. Bu konuya ilişkin şüpheliler arasında oldukça açık telefon görüşmeleri mevcuttur. Bu konudaki telefon görüşmeleri Ergenekon Terör Örgütünün yapmayı tasarladığı eylemler bölümünde yazıldığından burada tekrar edilmemiştir." ifadeleri yer aldı.

Kuvvayı Milliye Derneği üyelerinin suikastlerle halkı etnik ve siyasi çatışma içine sokmayı planladığı belirtilen iddianamede, "Şüphelilerin görüşmelerinde haklarında suikast planları yapılanların etnik, siyasi, yazar ve gazeteci kişilik ve kimlikleri ile uluslar arası düzeyde dahi tanınan ve dile getirdikleri bazı söylemleri nedeni ile de yandaşları olduğu kadar halkın bir kısmının tepkisini de çeken kişiler olduğu, bu kişilere yapılacak bir suikastın asıl amacına uygun şekilde halkın bir kısmının tepkisini sağlayacak, hatta Muhammet Yüce'nin ifadesinde 'Gerçekleştirmeyi düşündüğü eylemden sonra Türkiye'nin ikiye bölüneceği ve iç savaş çıkacağını düşünerek vazgeçtiği' şeklindeki kaçamaklı beyanına uygun bir tehlike oluşturacak nitelikte oldukları anlaşılmaktadır." deniliyor