İkinci iddianamenin ek klasöründe yer alan ifade tutanaklarına göre, 1996-97 yıllarında Abdullah Öcalan'a yönelik planlanan suikast girişimini Genelkurmay'da görevli komutanlar akamete uğratmış. Anılan isimler arasında 28 Şubat sürecinin ünlü ismi Batı Çalışma Grubunun kurucusu emekli Orgeneral Çevik Bir de var.

Mehmet Eymür'ün 17 Haziran 2008'de verdiği ifadeye göre 1994 yılından itibaren Suriye'nin başkenti Şam'da ikamet ettiği öğrenilen Öcalan'ın öldürülmesi için MİT bünyesinde suikast planları hazırlanıyor. Suikast hazırlıkları için özel birliklere eğitim veriliyor. Ancak, planların tamamı sonuçsuz kalıyor. Eymür, suikast planlarının başarısız olmasına içeriden yapılan müdahalelerin neden olduğunu ileri sürüyor. Süreç içerisinde hem kendi teşkilatı içerisindeki bazı kişilerden hem de teşkilat dışındaki bazı kurumlarda çalışan görevlilerin Abdullah Öcalan'a yönelik bu faaliyeti sonuçsuz bırakmak için bazı engellemelerde bulunduklarını anlatıyor. Hatta Genelkurmay ikinci başkanı Çevik Bir'in özel olarak kurdukları birliklerdeki elemanları, eğitim zamanları geldiği gerekçesi ile geri çektiğini belirterek, bu engellemelerin dış servislerin etkisinde olan bazı görevlilerce yapıldığı kanaatini taşıdığını söylüyor.

Mehmet Eymür, aynı dönemde askerî yetkililer arasında geçen bir telefon görüşmesine de dikkat çekiyor. Eymür'e göre Öcalan'a yönelik suikast girişimi bu telefon görüşmesi ile önceden sızdırılıyor. Dönemin (1996-97) Genelkurmay İstihbarat Daire başkanı ile Suriye Şam'daki askerî ataşe arasında geçen konuşmada, İstihbarat Daire başkanının Suriye'ye ekipler yollandığı gündeme geliyor. Öcalan'ı ipe bağlayıp sürükleye sürükleye getireceklerinin konuşulduğunu, konuşmaları dinleyenlerin bunu bir mesaj verir gibi askerî ataşenin söylediğini ve okuduklarını, o zamanki MİT müsteşarı Sönmez Köksal'ın bu konuşmayı hayretle karşılayarak Genelkurmay Başkanı'na bildirdiğini anlatıyor.