Cihaner'e, 'görevini kötüye kullanma, tehdit, hakaret, görev yerini terk etme, genelgeye aykırı hareket etme, tarafsızlığını kaybetme' gibi suçlamalar yöneltiliyor. Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanan Cihaner, İsmailağa cemaatine yönelik yürüttüğü soruşturmayla gündeme gelmişti. 2007'de başlayan soruşturma kapsamında jandarma eşliğinde onlarca baskın yapıldı, birçok isim hakkında dinleme kararları çıkartıldı.

Ancak Cihaner'in yürüttüğü soruşturmada kanunlara aykırı hareket ettiği öne sürüldü. Ceza Muhakemeleri Kanunu'nun 250. maddesine göre, örgütlü suçlara bakma görevi özel yetkili savcıların. İsmailağa cemaatine yönelik soruşturma da 'örgütlü suçlar' kapsamına giriyor. Normal şartlarda Erzincan Savcısı Cihaner'in kendisine böyle bir suç ihbarı geldiği zaman dosyayı Erzurum Cumhuriyet Başsavcılığı'na bildirmesi gerekiyordu.

Ancak bunu yapmak yerine soruşturmayı tam iki yıl, hem de Adalet Bakanlığı'ndan gizli olarak kendisi yürüttü. Erzurum Cumhuriyet Başsavcılığı, durumdan haberdar olması üzerine dosyayı aldı. Adalet Bakanlığı ise 'yetkisini aşarak soruşturma yürüttüğü' gerekçesiyle İlhan Cihaner hakkında inceleme başlattı. Adalet Bakanlığı müfettişlerinin konuyla ilgili raporunda Cihaner'e yönelik önemli suçlamalar var. İşte tespit edilen usulsüzlükler:

1- Ceza İşleri Genel Müdürlüğü'nün 1 Ocak 2006 tarihli genelgeleri gereğince örgütlü suçların soruşturmasına başlandığında bahsi geçen genelge ekindeki formun eksiksiz olarak doldurulup bakanlığa bildirilmesi gerekirken soruşturma evrakını iki yıl süresince bildirmediği,

2- Erzurum Cumhuriyet Başsavcılığı'na yazılan 22 Mayıs 2009 tarihli soruşturma yazılarına gösterilmesi gereken titizliği göstermediği,

3- Erzincan Valilik makamına yazılan 26 Mayıs 2009 tarih 2009/1314 sayılı yazıda da benzer hakaret içeren ifadelerin yer aldığı,

4- 5 farklı tarihte izinli olmadığı halde görev yerini terk ettiği,

5- Bizzat yürüttüğü soruşturmada doğru ve tarafsız davranmadığının yapılan incelemede tespit edilerek kayıt altına alındığı,

6- MİT, Emniyet ve Jandarma kayıtlarına göre İsmailağa ve Fethullah Gülen cemaatinin Hizbullah ve İBDA-C ile şimdiye kadar tespit edilmiş bir bağlantısı olmamasına rağmen, soruşturma şüphelilerinin Hizbullah soruşturmadaki şüphelilerin ise İBDA-C mensubu olduklarından bahisle Erzincan İl Jandarma Komutanlığı'nın talebi üzerine önleme dinlemesi yapıldığı, bir suç unsuru saptanamadığı ve sorulduğu halde soruşturma yapılmadığının bildirilmesine rağmen işlemleri el altından yürüttüğü,

7- Şüphelilerin çoğu Emniyet bölgesinde bulunmasına rağmen, arama, el koyma, ifade alma gibi işlemleri Jandarma ile yaptığı tespit edilmiştir.