İddianamede yer alan bilgilerde Küçük'ün çeşitli yerlere çektiği faks metninde “Ne oluyor? ‘Refah Partisi kapatılsın!' dedim, kapatıyorlar. ‘İmam Hatipler' dedim, hedef alındı. ‘Hakim ve savcılardan imam hatipliler atılsın!' dedim, ordu kabul etti. ‘TGRT, İhlas' dedim, sistem hücuma geçti… Ne oluyor? Ordu beni demek ki iyi izliyor” şeklinde ifadeler kullandığı anlaşıldı.

Sözkonusu ifadeler, 3. İddianamenin 160 ve 161. sayfalarında şöyle yer alıyor: 

GENELKURMAY HEPİMİZİ NÖBETE ÇAĞIRIYOR
“Dokümanın (95) ile numaralandırılmış, üzerinde “ Yalçın Küçük, Paris, 11 Haziran” hitabıyla başlayan faks çıktısı sayfasında “Ne oluyor ? ‘Refah Partisi kapatılsın!' dedim, kapatıyorlar. ‘İmam Hatipler' dedim, hedef alındı. ‘Hakim ve savcılardan imam hatipliler atılsın!' dedim, ordu kabul etti. ‘TGRT, İhlas' dedim, sistem hücuma geçti… Ne oluyor? Ordu beni demek ki iyi izliyor. Şimdi yeni bir yazı gönderiyorum sicil çıktı… Genelkurmay hepimizi nöbete çağırıyor. Ben ise genelkurmayın benim işaret ettiğim çizgiye gelmesinden memnunum” şeklinde yazdığı notlardan; şüpheli Yalçın Küçük'ün kendi örgütsel konumu içerisinde geçmiş yıllarda Ergenekon silahlı terör örgütü adına alınan kararları belli yerlere iletmek suretiyle ordu üzerinde ne kadar ağırlıklarının olduğunu göstermeye çalıştığı, 1960 yılındaki darbeyi ordudaki genç subayların yaptığı bu mektupların yazıldığı tarihten 3-4 sene sonra Ergenekon silahlı terör örgütü üst düzey yönetiminde bulunan sanıklardan Mehmet Şener Eruygur, Ahmet Hurşit Tolon, Levent Ersöz, Hasan Atilla Uğur'un da ordunun üst kademelerindeki görevleri sırasında Ergenekon silahlı terör örgütünün sivil kanadında bulunan medya mensupları ve sivil toplum kuruluşları ile işbirliği içinde 2003-2004 yılları içinde yürütme organını devirmeye teşebbüs eylemleri içinde bulundukları ve “genç subaylar rahatsız” şeklindeki haberler ile kamuoyunu etkilemeye çalıştıkları, ordu içinde oluşturdukları Cumhuriyet Çalışma Grubu adı ile darbe çalışmalarını organize ettikleri raporlardan anlaşılmaktadır.

Toplanan tüm deliller ve diğer iddianamelere ilişkin deliller göz önüne alındığında, şüpheli Yalçın Küçük'ün Ergenekon silahlı terör örgütü içinde görevli yönetici konumunda olduğu, 

Terör örgütü kurup yönetmek şeklindeki Ergenekon silahlı terör örgütü amaçları içinde yer alan bu konularda terör örgütlerini yönlendirip fikri ve ideolojik eğitim vererek örgütün amaçlarına uygun faaliyetlerde bulunmalarını sağlamakla görevli yöneticisi konumunda olduğu anlaşılmaktadır.”