İnternet Andıcı davası kapsamında tutuklu bulunan İlker Başbuğ’un Genelkurmay Başkanlığı yaptığı döneme denk gelen 26 Mart 2010’da 28 Şubat sürecini aydınlatabilecek 157 evrakın imha edildiği belirlenmişti. Tutanak altına alınan ve imha edilen belgeler arasında Batı Çalışma Grubu’nun faaliyet raporunun da yer aldığı tespit edilmişti. Komisyon resmi kurumlardan gelen belgeleri tasnif ederken, Cumhurbaşkanlığı belgeleri arasında 27 Mayıs 1960 darbesiyle idam edilen Başbakanı Adnan Menderes’in eşi Berin Menderes’in Cumhurbaşkanı Cemal Gürsel’e telgrafı ve mektubu bulunuyor. Berin Menderes, Gürsel’e Yassıada duruşmalarında eşi Menderes ile görüştürülmediğinden şikayetçi olurken, eşinin idamını engellemesini istiyor. MGK kararlarının da yer aldığı klasörlerde, eski MHP lideri Alparslan Türkeş’in 1978’de dönemin Cumhurbaşkanı Fahri Korutürk’e gönderdiği mektuplar da bulunuyor. Komisyon, eski Cumhurbaşkanı Sezer, eski Bakanlardan Ağar, 28 Şubat’ın figüranları Fadime Şahin Müslüm Gündüz gibi dinlenmesine karar verdi.