Komisyon üyesi CHP Genel Başkan Yardımcısı Veli Ağbaba "Balyoz davasının, "asrın iftirası" olarak anılacak bir dava olduğunu savunarak, "Balyoz davası, Türkiye'nin tarihindeki karanlık dönemlerin aktörlerinin vücut değiştirerek kurguladıkları ve başarıya ulaştıkları bir kumpastır" diye konuştu. Komisyon üyesi, CHP Manisa Milletvekili Özgür Özel ise "siyasi" olarak nitelendirdiği Balyoz davası ile ilgili Genelkurmay'ın suskun olduğunu ileri sürdü ve Genelkurmay Başkanı Necdet Özel'e ağır eleştiriler yöneltti. Genelkurmay Başkanlığı, yaptığı açıklamayla CHP'lilerin bu iddialarını yalanladı. Açıklamada, "Kamuoyuna duyurulan raporun sunumu esnasında Genelkurmay Başkanına atfen söylenen ifadelerin tamamı gerçek dışı olup konu adli makamlara aktarılmıştır" denildi. CHP'liler, "Bu durumu büyük bir memnuniyetle karşıladığımızı ve hayatta olan tüm Balyoz sanıkları ile ailelerini ilerleyen süreçte görülecek mahkemelerde şahit dinleteceğimizi kamuoyuna duyururuz" diyerek Genelkurmay'ın açıklamasına yanıt verdi.