Hazırlıkları büyük bir gizlilik içinde gerçekleştirilen operasyon talimatını Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan, Malatya'dan verdi. Başbakan Ahmet Davutoğlu'nun da "saat gibi işledi" dediği Şah Fırat şöyle gerçekleşti:

Türbenin taşınması kararı 1 ay önce verildi. Cumhurbaşkanı Erdoğan, Başbakan Davutoğlu ve Genelkurmay Başkanı Orgeneral Necdet Özel, mutabık kalınca, hemen çalışmalara başlandı. Davutoğlu harekât için yazılı direktif verdi. Orgeneral Özel, Kara Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Hulusi Akar'ı yerinde hazırlık yapılması için sınıra gönderdi.

Harekat hazırlıkları sürerken, nasıl bir türbe yapılacağının tasarım çalışmaları da hızlı bir şekilde sürdü. Hazırlıklar belli bir aşamaya gelince de, operasyon için 2 hafta önceden tarih ve saat belirlendi. Cumartesi'yi pazara bağlayan gece 21.00 sıralarında zırhlı birliklerin Suriye'ye girmesi planlandı.

Sabah'ın haberine göre, harekata 1 hafta kala hazırlıkların tamamlandığı bilgisi Ankara'ya ulaşınca, Cumhurbaşkanı Erdoğan da "Başkomutan" sıfatıyla hazırlıkları yerinde görmek istedi. Harekatın deşifre olmaması için de Malatya'ya bir ziyaret programı hazırlandı. Operasyonun yapıldığı Cumartesi günü Malatya'ya gelen Erdoğan, halka hitap etti, Valiliği ve akşam saatlerinde de 2. Ordu Komutanlığı'nı ziyaret etti. Erdoğan'ın yapacağı ziyareti önceden bilen Orgeneral Huduti, ziyaret öncesinde harekat merkezini hazırlattı. Milli Savunma Bakanı ile 2. Ordu'yu ziyaret eden Erdoğan burada askeri manga ile karşılandı. Erdoğan, içeride alacağı brifingin dikkat çekmemesi için de programın 1 saatten fazla olmamasını istedi. Bunun üzerine hızlandırılmış şekilde 40-45 dakika süren brifing hazırlandı.

2. Ordu'ya yapılan ziyaret öncesinde, sınır hattında bulunan İKU'lar, havada hazır beklemeye başladı. Erdoğan'ın 2. Ordu'ya gelişiyle de 30 bin feet'ten yani 10 kilometre yükseklikten 40 kilometre ötedeki Süleyman Şah Saygı Karakolu'na kilitlenen uçaklar, bölgeden full HD kalitede canlı görüntü aktarmaya başladı. Bu esnada da Orgeneral Huduti, Perşembe gece yarısı Özel Kuvvetlere bağlı bordo berelilerin, sivil ve silahlı olarak sınırdan Suriye'ye sızdığını ve bölgenin operasyona müsait olduğuna dair son bilgileri Cumhurbaşkanı Erdoğan ile paylaştı. Ayrıca sınır ötesinde bulunan MİT mensuplarından gelen son dakika istihbaratlar da yine Erdoğan'ın bulunduğu 2. Ordu'ya aktarıldı.

Erdoğan, havadan gelen canlı görüntülerle 4 koldan gerçekleşecek operasyonda askerlerin gireceği güzergahı ve bayrak dikilecek bölgeyi izledi. Aynı zamanda Kobani'den geçecek konvoyun izleyeceği güzergah ve YPG militanlarının bulunduğu noktalar, Süleyman Şah Saygı Karakolu'na yakın noktada bulunan IŞİD mevzileri Erdoğan'a bizzat gösterildi. Orgeneral Adem Huduti, "Türk Silahlı Kuvvetleri bu gece Şah Fırat Operasyonu için hazırdır" deyince, Erdoğan da Başkomutan sıfatıyla, "Girin" talimatını verdi.

Erdoğan'ın talimatı verdiği bilgisi şifreli şekilde Ankara'ya aktarılınca, daha önceden planlandığı gibi Genelkurmay Başkanı Özel ve kuvvet komutanları, karargahta Başbakan Davutoğlu'nu beklemeye başladı. Davutoğlu'nun gelmesiyle de operasyon bizzat harekat merkezinden yönetildi. Hava araçları da, görüntü ve iletişim aktarımı yaparak sınırda nöbet uçuşu gerçekleştirdi.

Davutoğlu ve Özel'in talimatları, canlı olarak harekatı gerçekleştiren askerlere iletildi. Aynı şekilde yerdeki askerler de, anlık gelişmeleri İK U'lar üzerinden canlı olarak 2. Ordu'ya aktardı. 2. Ordu'ya gelen bilgiler eş zamanlı olarak karargaha da ulaştı. Genelkurmay Başkanı da böylece sık sık talimat verdiği operasyonu bizzat yönetmiş oldu.

Daha önceden büyük titizlikle belirlenen harekâtın deşifre olmamasına büyük özen gösterildi. Bunun için de harekâtın karargâhtan yönetilmesine karar verildi. Özel, Kara Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Hulusi Akar ile Hava Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Akın Öztürk'ün bölgeye gitmesini istemedi. Bölgede operasyonu 2. Ordu Komutanı Orgeneral Adem Huduti yönetti.