JİTEM grup komutanı Binbaşı Abdülkerim Kırca ve daha sonra onun yerine geçen Binbaşı Cemil Temizöz ile Diyarbakır JİTEM tim komutanı Zahit Engin yüzbaşının yasa dışı faaliyetlerinden emniyet müdürlüğünün çok rahatsız olduğunu belirten Aygan, şunları anlattı: "Rahmetli Diyarbakır İl Emniyet Müdürü Gaffar Okkan bunların yasa dışı faaliyetlerinden oldukça rahatsızdı. Zahit Engin yüzbaşının astsubaylar ve uzman çavuşlardan oluşan özel bir timi vardı. Kafalarına göre insanları beyaz Toros arabayla karargâha getirip sorguluyor, işkence ediyorlardı. Biz de hücrelerde işkenceden geçen insanların bağırtılarını duyuyorduk. Gaffar Okkan bunları takibe aldı. Daha önce yakalanıp JİTEM'e getirilen, işkence ile sorgulanıp infaz edilen insanların cesedi şehir dışına atılıyordu. Ancak Gaffar Okan'ın aldığı tedbirler sonucu JİTEM artık serbestçe hareket edemez oldu. JİTEM elemanları Gaffar Okkan ekibine yakalanmamak için son zamanlarda öldürdükleri insanların cesetlerini adliye binasının bulunduğu alana gömmüş olabilirler. Sanırım bu altı kişiye ait olduğu sanılan kemikler de o döneme aittir. "

Abdülkadir Aygan, JİTEM'in illegal çalışmalarına mani olduğu için Gaffar Okan suikastının arkasında da JİTEM'in olduğunu iddia etti.

Sur ilçesinde eskiden kapalı cezaevi ve JİTEM'in merkez karargahı olarak kullanılan Saraykapı içindeki İçkale bölgesinde Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından yapılan restorasyon çalışmasında 6 adet kafatası ve insan kemikleri bulunmuştu.