''Ata Evleri'' adı altında örgütlenen grupların, Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği (ÇYDD) kontrolünde olan lise ve üniversiteli gençleri kendi amaç ve eylemleri doğrultusunda bu evlere yerleştirme gayreti içinde oldukları öne sürüldü. Atatürk'ün ismini kullanarak Ata Evleri'ni kuran örgütün bu şekilde daha rahat hareket etmeyi amaçladığı öğrenildi.

Ulusal Sivil Toplum Kuruluşları Birliği (USTKB) Sözcüsü Hamdi Gökhan Ecevit'in, ''Ata Evleri'' projesinin ÇYDD desteğinde yürüttüğü ileri sürüldü. Aynı zamanda TSK Mensupları Çocuklarının Dayanışma Derneği (TAÇ-DER) Başkanı olan Ecevit'in bu konuda Türkan Saylan'dan destek aldığı ve Cumhuriyet İçin İletişim Moderatörü Ömer O.'nun da da desteğine başvurduğu ileri sürüldü.

İddiya göre; ÇYDD içerisinde faaliyet gösteren bazı şahısların, özellikle lise ve üniversitelerde öğrenim gören öğrencilerin dernek çatısı altında örgütlendirilip yönlendirilmeleri ve gerektiğinde belirli amaçlar doğrultusunda daha kolay ve seri bir şekilde kullanılmalarının sağlanmasının amaçlandığı belirtildi. Ata Evleri isimli projenin hazırlandığı bu evlerde ÇYDD'den burs alan öğrenciler ikamet ettirilerek, evlerde kalan bazı kız öğrencilerin özellikle askeri okul öğrencileri ile ilişki geliştirmeleri yönünde yönlendirme yapıldığı ileri sürüldü. Yine başka bir iddiaya göre proje konusunda Ecevit'in her işten Saylan'a ayrıntılı olarak bilgi verdiği iddia edildi.

Ata Evlerinde kalan öğrencilerin özellikle "Kürt, Alevi, Ermeni ve Süryani" kökenli öğrencilerden seçildiği ve genellikle kız ve erkeklerin birlikte kalmalarının sağlandığı, öğrencilerin kendilerini çok iyi gizledikleri kaydedildi.

Diğer taraftan Ata Evleri projesinde aktif olarak çalışan ve 1 sene içinde yaklaşık 80 tane ev açtığı belirtilen Ömer Y. ile Ecevit'in, liderliğini Ergenekon sanığı Tuncay Özkan'ın yaptığı ''Biz Kaç Kişiyiz Hareketi'' içerisinde aktif olarak yer aldıkları biliniyor.