5 yıllık tutukluluk süresini düzenleyen yasanın yürürlüğe girmesinin ardından Ergenekon davasında tutuklu bulunan Alparslan Aslan hakkında tahliye kararı verilmişti. Hakkında tahliye kararı verilen Arslan, mahkeme heyetine hakaretten aldığı hapis cezası olduğundan cezaevinden çıkamamıştı. Kamuoyunda tepki ile karşılanan karar üzerine İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı tahliye kararına itiraz etti. Başsavcılık Arslan'ın başka mahkemelerce hakkında verilmiş birden çok karar bulunduğu ve bu cezaların mahsup edilmesiyle Ergenekon davası kapsamında 5 yıllık tutukluluk süresini doldurmadığını ve tutuklanması gerektiğini belirtti.

Savcılığın itirazını değerlendiren İstanbul 6. Ağır Ceza Mahkemesi, itirazı oy birliğiyle kabul ederek, sanık Alparslan Aslan hakkında tutuklama müzekkeresi çıkarılmasına hükmetti. Heyet, çıkarılan tutuklama müzekkeresini infaz amacıyla sanık Alparslan Aslan'ın tutuklu bulunduğu Silivri Cezaevi'ne gönderilmesine de karar verdi.