Balyoz davası kapsamında tutuklamalarla sarsılan komutanlığın karargâhındaki görevliler büyük ölçüde Hasdal Askeri Cezaevi’ne taşınırken, komutanlığın muharip gücünü oluşturan Donanma Komutanlığı’na bağlı olarak görev yapan amirallerin de büyük bir bölümünün cezaevinde olması nedeniyle çok sayıda görev vekâleten yürütülüyor 

YAŞ öncesi terfi ve atamaların kritik öneme sahip olduğu komutanlıkların başında Deniz Kuvvetleri Komutanlığı geliyor. Balyoz davası nedeniyle çok sayıda amirali tutuklu bulunan Deniz Kuvvetleri Komutanlığı’nda tutuklamalardan en çok Ankara’daki  karargâh ve Gölcük merkezli Donanma Komutanlığı etkilendi. İstanbul merkezli Kuzey Deniz Saha Komutanı Koramiral Mehmet Otuzbiroğlu ile Güney Deniz Saha Komutanlığı’nda görevli bazı amirallerin de tutuklu bulunduğu komutanlığın karargâhında görevli 4 amiral, Donanma Komutanlığı’na bağlı görev yapan 4 amiral de tutuklu. Karargâhta görevli 1 amiral ise Pakistan’da görev yaptığı için uluslararası sularda görevini sürdürüyor.